При половом воспроизведении лишайников происходит слияние двух грибных половых клеток. Образуется новая клетка, которая последовательно делится и дает начало группе спор. Споры располагаются в особом мешочке – сумке. Сумки с аскоспорами (спорами, образующимися при половом размножении) собраны в открытые (апотеции) или закрытые (перитеции) плодовые тела.
Апотеции лишайников отличаются разнообразием форм и окраски. Различные виды кладоний (Cladonia fimbriata) покрыты крошечными вертикальными выростами, которые на концах могут расширяться и своей формой напоминают бокалы (их обычно называют "кубки эльфов"). По краю этих выростов образуются апотеции. Цвет апотеций может отличаться от цвета самого растения.
В отличие от грибных, лишайниковые плодовые тела многолетние. Поэтому образование новых сумок и высыпание из них созревших спор происходит в течение нескольких лет.
Бесполовое размножение осуществляется мелкими клеточкками (пикноконидиями), которые созревают в мешочках (пикнидиях) и высыпаются из них через отверстия.
Лишайники могут размножаться просто кусочками таллома. Кустистые виды в сухую погоду дробятся на мелкие кусочки под ногами человека и животных. Падая на землю, эти кусочки дают начало новым растениям.
Одни лишайники размножаются преимущественно половым путем, другие – вегетативным.