Аптекарский огород для выращивания лекарственных растений был разбит по приказу Петра I в 1706 году, вскоре после того, как по соседству появилась Сухарева башня. Развивая армию и флот, Петр следил за тем, чтобы воинство было чем лечить. В то время пользовались, главным образом, растительными средствами и необходим был их запас.Здесь были собраны сотни видов растений, имевших лекарственные свойства.
      При каждом аптекарском огороде был ученый ботаник. Здесь также обучались студенты-медики, в последствии становившиеся врачами. Учрежденный Петром, аптекарский огород был первым в России.
  Есть легенда, что царь сам лично посадил здесь три хвойных дерева — ель, пихту и лиственницу «для наущения граждан в их различии».
     Сначала огород принадлежал Аптекарскому приказу, затем Московскому госпиталю и Медико-хирургической академии. К началу XIX века Медико-хирургическая академия, которой принадлежал огород, переехала в новую столицу — Санкт-Петербург. Огород оказался заброшен и, если бы не случайность, вероятнее всего, был бы продан кусками под частную застройку.
     К счастью, именно в это время Московский университет искал в городе место для устройства нового ботанического сада. 1 апреля 1805 года бывший аптекарский огород был куплен Московским университетом за 11 тысяч рублей серебром и до сих пор остается в его ведении.
     В XVIII столетии сад разделили широкими прямыми аллеями на отдельные части. Вдоль аллей росли часто посаженные липы и вязы. Важнейшим элементом садово-парковой архитектуры стал прямоугольный пруд. В южной части, почти на тех же местах, что и сегодня, уже тогда существовали оранжереи. По всей территории в строгом порядке высаживали лекарственные растения. Подстригаемые кустарники и травы, покрывавшие землю, высаживали так, чтобы они создавали геометрически правильные фигуры.
     Сад был необыкновенно красив. В разное время года посетители могли любоваться маками и пионами, мальвами и розами, шиповником и жасмином. В теплые месяцы на воздух выставляли растения в кадках - агаву, олеандр, померанец, в парниках вызревали дыни и арбузы. Многие растения попадали сюда из старинных московских царских садов, прежде всего, из знаменитого Измайловского сада, заложенного еще при Алексее Михайловиче в 1666 году.
      Наибольшего расцвета университетский Ботанический сад достиг в период с 1873 по 1902 год. За это время расширились научные связи, установился обмен растениями с ботаническими учреждениями многих стран мира. В 1891 году построили большую пальмовую оранжерею. Число пальм увеличилось с 20 до 189, а папоротников - с 40 до 180. Были организованы экспедиции на острова Индийского океана, появилась коллекция южноамериканских растений, в том числе знаменитых гигантских кувшинок - викторий. Для них в 1905 году соорудили бассейн в одной из оранжерей. Викторию-регию можно увидеть и сегодня.
     На деньги университета и на средства благотворителей (а среди них известные московские купеческие фамилии - Морозовы и Хлудовы) удалось отремонтировать большинство садовых построек и соорудить каменное здание для научной лаборатории - теперь научные занятия можно было проводить в течение всего года. В стенах этого лабораторного корпуса выросла плеяда крупных отечественных ботаников.